MERS-ORF1ab/RdRP Pseudovirus Standard Reference

Middle East Respiratory Syndrome (MERS) 于2012年在沙特阿拉伯首次報道，此后已傳播到包括美國在內(nèi)的其他幾個國家。大多數(shù)感染了MERS-CoV的人都出現(xiàn)了嚴重的呼吸系統(tǒng)疾病，包括發(fā)燒，咳嗽和呼吸急促。他們中許多人已經(jīng)死亡。MERS屬于一種冠狀病毒，是一類具有囊膜、基因組為線性單股正鏈的RNA病毒，對應(yīng)的結(jié)構(gòu)示意圖如下：

根據(jù)CDC和WHO的介紹，針對MERS的核酸診斷一般是針對RdRP (RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N和Gene upE/E， Gene S更多用于對應(yīng)藥物和疫苗的開發(fā)。NCBI收錄序列為NC_019843.3，全長30119bp，基因編碼4個結(jié)構(gòu)蛋白：S，M，N和E。

以往針對試劑盒檢測限的性能評價，一般是選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標準品，用于性能評價。但是兩者都具有很明顯的確定，首先體外轉(zhuǎn)錄的RNA，一般是很純，單一，不涉及提取，不符合臨床病毒的微環(huán)境，因此必然造成檢測靈敏度被高估，這也是存在高概率假陰性的主要原因；再次臨床陽性病毒，即使是滅活的病毒，也是存在很大的生物安全隱患，因此要求實驗室級別為P3-P4，大部分開發(fā)診斷試劑盒單位都不滿足改要求，另外臨床陽性病毒也是來源很有限，不能被穩(wěn)定供應(yīng)，反復(fù)用于試劑盒的性能評價。

有病毒的完整包膜結(jié)構(gòu)，有MERS對應(yīng)的核酸序列，但是生物安全風險較低的假病毒標準品，完美的克服了選擇體外轉(zhuǎn)錄的RNA、或者臨床陽性病毒來作為標準品的缺點，非常適合用于核酸診斷性能評價的標準品。

構(gòu)建過程：MERS基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測（ddPCR）

ORF1ab/RdRP(2798bp)

• 根據(jù)MERS冠狀病毒的特點，選取了ORF1ab/RdRP（RNA-dependent RNA polymerase）、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)合計3個區(qū)段的序列，用于假病毒的包裝，3個區(qū)段很好的表征了MERS的特征序列；

• 科佰生物設(shè)計了ddPCR體系的引物、探針序列，可不需要構(gòu)建標準曲線的前提下完成對假病毒的QC拷貝數(shù)檢測，非常準確表征標準品的拷貝數(shù)，而且克服了Q-PCR分析CT值的相對判斷標準的不準確性；

• 假病毒標準品，無致病性，可再生，質(zhì)控方法可靠，批次間穩(wěn)定，可以長期穩(wěn)定制備和供應(yīng)，而且要求實驗室生物安全級別為P2，滿足很多單位的安全需求。

ORF1ab/RdRP:

TCTAAAGATTCCAATTTTTTAAACGAGTCCGGGGTTCTATTGTAAATGCCCGAATAGAACCCTGTTCAAGTGGTTTGTCCACTGATGTCGTCTTTAGGGCATTTGACATCTGCAACTATAAGG

CTAAGGTTGCTGGTATTGGAAAATACTACAAGACTAATACTTGTAGGTTTGTAGAATTAGATGACCAAGGGCATCATTTAGACTCCTATTTTGTCGTTAAGAGGCATACTATGGAGAATTATG

AACTAGAGAAGCACTGTTACGACTTGTTACGTGACTGTGATGCTGTAGCTCCCCATGATTTCTTCATCTTTGATGTAGACAAAGTTAAAACACCTCATATTGTACGTCAGCGTTTAACTGAGT

ACACTATGATGGATCTTGTATATGCCCTGAGGCACTTTGATCAAAATAGCGAAGTGCTTAAGGCTATCTTAGTGAAGTATGGTTGCTGTGATGTTACCTACTTTGAAAATAAACTCTGGTTTG

ATTTTGTTGAAAATCCCAGTGTTATTGGTGTTTATCATAAACTTGGAGAACGTGTACGCCAAGCTATCTTAAACACTGTTAAATTTTGTGACCACATGGTCAAGGCTGGTTTAGTCGGTGTGC

TCACACTAGACAACCAGGACCTTAATGGCAAGTGGTATGATTTTGGTGACTTCGTAATCACTCAACCTGGTTCAGGAGTAGCTATAGTTGATAGCTACTATTCTTATTTGATGCCTGTGCTCT

CAATGACCGATTGTCTGGCCGCTGAGACACATAGGGATTGTGATTTTAATAAACCACTCATTGAGTGGCCACTTACTGAGTATGATTTTACTGATTATAAGGTACAACTCTTTGAGAAGTACT

TTAAATATTGGGATCAGACGTATCACGCAAATTGCGTTAATTGTACTGATGACCGTTGTGTGTTACATTGTGCTAATTTCAATGTATTGTTTGCTATGACCATGCCTAAGACTTGTTTCGGAC

CCATAGTCCGAAAGATCTTTGTTGATGGCGTGCCATTTGTAGTATCTTGTGGTTATCACTACAAAGAATTAGGTTTAGTCATGAATATGGATGTTAGTCTCCATAGACATAGGCTCTCTCTTA

AGGAGTTGATGATGTATGCCGCTGATCCAGCCATGCACATTGCCTCCTCTAACGCTTTTCTTGATTTGAGGACATCATGTTTTAGTGTCGCTGCACTTACAACTGGTTTGACTTTTCAAACTG

TGCGGCCTGGCAATTTTAACCAAGACTTCTATGATTTCGTGGTATCTAAAGGTTTCTTTAAGGAGGGCTCTTCAGTGACGCTCAAACATTTTTTCTTTGCTCAAGATGGTAATGCTGCTATTA

CAGATTATAATTACTATTCTTATAATCTGCCTACTATGTGTGACATCAAACAAATGTTGTTCTGCATGGAAGTTGTAAACAAGTACTTCGAAATCTATGACGGTGGTTGTCTTAATGCTTCTG

AAGTGGTTGTTAATAATTTAGACAAGAGTGCTGGCCATCCTTTTAATAAGTTTGGCAAAGCTCGTGTCTATTATGAGAGCATGTCTTACCAGGAGCAAGATGAACTTTTTGCCATGACAAAGC

GTAACGTCATTCCTACCATGACTCAAATGAATCTAAAATATGCTATTAGTGCTAAGAATAGAGCTCGCACTGTTGCAGGCGTGTCCATACTTAGCACAATGACTAATCGCCAGTACCATCAGA

AAATGCTTAAGTCCATGGCTGCAACTCGTGGAGCGACTTGCGTCATTGGTACTACAAAGTTCTACGGTGGCTGGGATTTCATGCTTAAAACATTGTACAAAGATGTTGATAATCCGCATCTTA

TGGGTTGGGATTACCCTAAGTGTGATAGAGCTATGCCTAATATGTGTAGAATCTTCGCTTCACTCATATTAGCTCGTAAACATGGCACTTGTTGTACTACAAGGGACAGATTTTATCGCTTGG

CAAATGAGTGTGCTCAGGTGCTAAGCGAATATGTTCTATGTGGTGGTGGTTACTACGTCAAACCTGGAGGTACCAGTAGCGGAGATGCCACCACTGCATATGCCAATAGTGTCTTTAACATTT

TGCAGGCGACAACTGCTAATGTCAGTGCACTTATGGGTGCTAATGGCAACAAGATTGTTGACAAAGAAGTTAAAGACATGCAGTTTGATTTGTATGTCAATGTTTACAGGAGCACTAGCCCAG

ACCCCAAATTTGTTGATAAATACTATGCTTTTCTTAATAAGCACTTTTCTATGATGATACTGTCTGATGACGGTGTCGTTTGCTATAATAGTGATTATGCAGCTAAGGGTTACATTGCTGGAA

TACAGAATTTTAAGGAAACGCTGTATTATCAGAACAATGTCTTTATGTCTGAAGCTAAATGCTGGGTGGAAACCGATCTGAAGAAAGGGCCACATGAATTCTGTTCACAGCATACGCTTTATA

TTAAGGATGGCGACGATGGTTACTTCCTTCCTTATCCAGACCCTTCAAGAATTTTGTCTGCCGGTTGCTTTGTAGATGATATCGTTAAGACTGACGGTACACTCATGGTAGAGCGGTTTGTGT

CTTTGGCTATAGATGCTTACCCTCTCACAAAGCATGAAGATATAGAATACCAGAATGTATTCTGGGTCTACTTACAGTATATAGAAAAACTGTATAAAGACCTTACAGGACACATGCTTGACA

GTTATTCTGTCATGCTATGTGGTGATAATTCTGCTAAGTTTTGGGAAGAGGCATTCTATAGAGATCTCTATAGTTCGCCTACCACTTTGCAG